機器一覧
シークエンサー | Illumina | Novaseq6000 iSeq100 |
Oxford Nanopore | PromethION MinION Flongle | |
MGI | T7 | |
シングルセル装置 | Standard BioTools (旧: Fluidigm) | C1 |
10x Genomics | Chromium | |
空間解析関連装置 | 10x Genomics | Xenium |
Akoya Biosciences | PhenoCycler (旧: CODEX) | |
KEYENCE | 蛍光顕微鏡:BZ-X | |
Leica Microsystems | ミクロトーム:Histo Core MULTICUT R クリオスタット:LEICA CM 1950 | |
計測機器 | Agilent | 2100 Bioanalyzer 4200 Tapestation Femto Pulse System |
その他 | Agilent | Bravo Automated Liquid Handling Platform |
Hamilton | NGS STAR | |
Analytik Jena | InnuPure C16 touch |
シークエンサー
![Illumina社 NovaSeq6000](http://dynacom.sakura.ne.jp/lisdac/wp-content/uploads/2022/07/novaseq6000.jpg)
Illumina社 NovaSeq6000
![Illumina社 iSeq100](http://dynacom.sakura.ne.jp/lisdac/wp-content/uploads/2022/07/iseq.jpg)
Illumina社 iSeq100
![Oxford Nanopore社 PromethION](http://dynacom.sakura.ne.jp/lisdac/wp-content/uploads/2022/07/promethion.jpg)
Oxford Nanopore社 PromethION
![MGI社 T7](http://dynacom.sakura.ne.jp/lisdac/wp-content/uploads/2022/07/t7.jpg)
MGI社 T7
シングルセル装置
![C1](http://dynacom.sakura.ne.jp/lisdac/wp-content/uploads/2022/07/c1.jpg)
Standard BioTools社 C1
![10x Genomics社 Chromium](http://dynacom.sakura.ne.jp/lisdac/wp-content/uploads/2022/07/chromium.jpg)
10x Genomics社 Chromium
空間解析関連装置
![10x Genomics Xenium](http://dynacom.sakura.ne.jp/lisdac/wp-content/uploads/2023/10/xenium.jpg)
10x Genomics Xenium
![Akoya社 PhenoCycler (旧: CODEX)](http://dynacom.sakura.ne.jp/lisdac/wp-content/uploads/2022/07/phenocycler.jpg)
Akoya社 PhenoCycler (旧: CODEX)
![KEYENCE社 蛍光顕微鏡](http://dynacom.sakura.ne.jp/lisdac/wp-content/uploads/2022/07/bz-x.jpg)
KEYENCE社 蛍光顕微鏡
![Leica Microsystems社 ミクロトーム](http://dynacom.sakura.ne.jp/lisdac/wp-content/uploads/2022/07/multicut_r.jpg)
Leica Microsystems社 ミクロトーム
![Leica Microsystems社 クリオスタット](http://dynacom.sakura.ne.jp/lisdac/wp-content/uploads/2022/07/leica_cm_1950.jpg)
Leica Microsystems社 クリオスタット
計測機器
![Agilent社 2100 Bioanalyzer](http://dynacom.sakura.ne.jp/lisdac/wp-content/uploads/2022/07/bioanalyzer.jpg)
Agilent社 2100 Bioanalyzer
![Agilent社 4200 Tapestation](http://dynacom.sakura.ne.jp/lisdac/wp-content/uploads/2022/07/tapestation.jpg)
Agilent社 4200 Tapestation
![Agilent社 Femto Pulse System](http://dynacom.sakura.ne.jp/lisdac/wp-content/uploads/2022/07/femto_pulse.jpg)
Agilent社 Femto Pulse System
その他
![Agilent社 Bravo Automated Liquid Handling Platform](http://dynacom.sakura.ne.jp/lisdac/wp-content/uploads/2019/05/other2.jpg)
Agilent社 Bravo Automated Liquid Handling Platform
![Analytik Jena社 InnuPure C16 touch](http://dynacom.sakura.ne.jp/lisdac/wp-content/uploads/2019/05/other1.jpg)
Analytik Jena社 InnuPure C16 touch
![Hamilton社 NGS STAR](http://dynacom.sakura.ne.jp/lisdac/wp-content/uploads/2022/07/ngs_star.jpg)
Hamilton社 NGS STAR
解析の流れ
1. お申込み
申請書・同意書をご提出ください。各様式は下方の利用規約よりダウンロードいただけます。
申請書は課題名ごとにご記入いただき、以下のメールアドレスにお送りください。受領後、メールにてご連絡をいたします。
同意書は押印のうえ郵送にてご提出ください。送付先は担当者よりご案内いたします。
送付先:lisdac [at] edu.k.u-tokyo.ac.jp ( [at] を@に書き換えてください)
2. 仕様お打合せ・お見積り
送付いただきました申請書をもとに、お見積りをお送りいたします。
価格表、サンプルの必要量・純度等は下方に掲載しております。
3. サンプル送付
サンプル送付方法
サンプル送付先はメールにてご連絡いたします。
- RNA、DNA、調製済ライブラリは1.5 mLまたは2mLチューブに入れ、パラフィルム等で蓋が開かないようにシールして、チューブの破損を防ぐためサンプルボックスまたは遠沈管等に入れ、発泡スチロール容器に梱包してお送りください。サンプルは冷凍でお送りください。
- 細胞は細胞凍結保存用培地に懸濁して凍結し、チューブの破損を防ぐためサンプルボックスまたは遠沈管等に入れて、ドライアイスが充分入った発泡スチロール容器に梱包してお送りください。
- Visium、CODEXのサンプルにつきましては、担当者より別途ご案内いたします。
4. ライブラリ調製・シークエンス解析
ライブラリ調製が必要なサンプルにつきましては、調製を行います。
ご指定の解析方法で解析を行います。
5. 解析データお渡し
シークエンス解析のデータは最小限の情報処理(ゲノム配列への張り付け等)をして、HDDまたはFTPサイト等によりお送りいたします。
6. 完了報告
完了報告書と請求書をご担当者様宛に郵送いたします。
価格表
LiSDaC次世代シークエンス部門 2024年度価格表
シークエンス費用 | 1レーンの価格(税込) | ライブラリ調製 | 1検体の価格(税込) | |
---|---|---|---|---|
100SR SP | ¥320,000 | 鋳型調製 (RNA-seq,ChIP-Seq,ATAC-seq等) | ¥30,000 | |
100SR S1 | ¥550,000 | |||
100SR S2 | ¥1,000,000 | Exome+Bait 鋳型調製 | ¥60,000 | |
150PE SP | ¥440,000 | 特殊なサンプルの鋳型調製 (例:微量の場合) | 応相談 | |
150PE S1 | ¥740,000 | |||
150PE S2 | ¥1,320,000 | |||
150PE S4 | ¥1,000,000 | |||
*1レーンあたりの解析する検体の詳細(数・インデックスなど)はご相談ください。 *解析条件の詳細によっては価格が多少変わることがございます。 |
SP | 2.4-4億スポット | ||
S1 | 5-8億スポット | ||
S2 | 16-20億スポット | ||
S4 | 15-25億スポット |
シークエンスの種類 | 1レーンの価格(税込) |
---|---|
36SR ~ 150PE | ¥150,000 |
*ライブラリ調製につきましては、NovaSeq6000の項目をご参照ください。 |
基準仕様 | 価格(税込) |
---|---|
~96細胞、ライブラリ調製込、1サンプル/1レーン | ¥700,000 |
解析の種類 | 価格(税込) |
---|---|
MinION フローセル | ¥250,000 |
PromethION フローセル | ¥330,000 |
Flongle フローセル | ¥51,000 |
解析の種類 | 1フローセルの価格(税込) | ライブラリ調製 | 1検体の価格(税込) |
---|---|---|---|
50SE | ¥580,000 | DNA-Seq DNA-Seq(PCR Free) | ¥30,000 |
150PE | ¥1,150,000 | ||
*解析条件の詳細によっては価格が多少変わることがございます。 | RNA-Seq | ¥30,000 | |
Exome | ¥68,000 | ||
illumina用に作成した ライブラリを読む場合 | 応相談 |
50SE | 250Gb | ||
150PE | 1.5Tb |
解析の種類 | 1フローセルの価格(税込) | ライブラリ調製 | 1検体の価格(税込) | |
---|---|---|---|---|
75PE Medium | ¥380,000 | 鋳型調製 (RNA-seq,ChIP-Seq,ATAC-seq等) | ¥30,000 | |
75PE High | ¥430,000 | |||
150PE Low | ¥380,000 | Exome+Bait 鋳型調製 | ¥60,000 | |
150PE Medium | ¥430,000 | 特殊なサンプルの鋳型調製 (例:微量の場合) | 応相談 | |
150PE High | ¥620,000 | |||
300PE Medium | ¥620,000 | |||
300PE High | ¥850,000 | |||
*1レーンあたりの解析する検体の詳細(数・インデックスなど)はご相談ください。 *解析条件の詳細によっては価格が多少変わることがございます。 |
75PE Medium | 5億リード | 150PE Low | 2億5000万リード |
75PE High | 10億リード | 150PE Medium | 5億リード |
300PE Medium | 1億リード | 150PE High | 10億リード |
300PE High | 3億リード |
解析の種類 | 1検体の価格(税込) | |
---|---|---|
scRNA-Seq(3’) | ¥950,000 | 5000~10000細胞 3’ライブラリ調製費用とシークエンス費用(1億リード程度)を含む |
scRNA-Seq(5’) | ¥950,000 | 5000細胞 5’ライブラリ調製費用とシークエンス費用(1億リード程度)を含む |
scV(D)J | ¥960,000 | 5000細胞 ライブラリ調製費用とシークエンス費用(1億リード程度)を含む |
scRNA-Seq(5’)+V(D)J | ¥1,000,000 | *同一サンプルから実施する場合のみ ライブラリ調製費用とシークエンス費用(1億リード程度)を含む |
scATAC | ¥930,000 | 5000細胞 ライブラリ調製費用とシークエンス費用(1億リード程度)を含む |
scGEX-ATAC | ¥1,700,000 | 5000細胞 ライブラリ調製費用とシークエンス費用(1億リード程度)を含む |
scRNA-Seq (GEM-X 3′) | ¥1,130,000 | 10000細胞 3’ライブラリ調製費用とシークエンス費用(2億リード程度)を含む |
scRNA-Seq (GEM-X 5′) | ¥1,130,000 | 10000細胞 5’ライブラリ調製費用とシークエンス費用(2億リード程度)を含む |
scRNA-Seq (GEM-X 5′)+V(D)J | ¥1,180,000 | 10000細胞 5’ライブラリ調製費用とシークエンス費用(2億リード程度)を含む |
*解析試料の提出方法についてはご相談ください。 |
plex数 | 価格(税込) | |
---|---|---|
1plex | ¥950,000 | 5000細胞 ライブラリ調製費用とシークエンス費用(1億リード程度)を含む |
4plex | ¥1,940,000 | ライブラリ調製費用とシークエンス費用を含む |
*解析試料の提出方法についてはご相談ください。 *他サンプル数の場合はご相談ください。 *詳細はご相談ください。 |
価格(税込) | ||
---|---|---|
Fresh Frozen | Tissue Optimization (1スライド*1) | ¥290,000 |
Gene Expression 6.5mm (1~4サンプル*2) | ¥2,800,000 | |
FFPE | Tissue Adhesion test (1スライド*4) | ¥75,000 |
Gene Expression 6.5mm (1~2サンプル*3) | ¥1,410,000 | |
Gene Expression 11mm (1~2サンプル*3) | ¥3,310,000 | |
visium HD 6.5mm(1~2サンプル*3*5) | ¥2,480,000 | |
visium HD 6.5mm(1~2サンプル*3*6) | ¥3,030,000 | |
データ解析: Space Rangerまで(1サンプル) | ¥50,000 | |
*1TOは1スライドに1組織となります。 *21スライドで4サンプルまで調製できます。 *31スライドで2サンプルまで調製できます。 *4TAは1スライドに2組織までのせられます。 *51スライドあたりのリード数は5億程度です。 *61スライドあたりのリード数は10億程度です。 *詳細はご相談ください。 |
価格(税込) | ||
---|---|---|
Fresh Frozen | Tissue Optimization (2スライド*1) | ¥440,000 |
Gene Expression 6.5mm (2スライド*2) | ¥2,110,000 | |
データ解析: SAWまで(1サンプル) | ¥50,000 | |
*1TOは1スライドに1組織となります。 *21スライドで1サンプルまで調製できます。 *詳細はご相談ください。 |
1ラン*1価格(税込) | ||
---|---|---|
測定基本料 | ¥1,950,000 | |
Cell Segmentation cocktail | ¥500,000 | |
Xenium 5K Panel | ¥4,600,000 | |
Gene Expression Panel | 応相談 | |
*11ランは2スライドのせられます。 *ご依頼前にご相談ください。 |
1ラン価格(税込) | ||
---|---|---|
FF/FFPE | 2スライド(1K) | ¥2,660,000 |
4スライド(1K) | ¥4,620,000 | |
2スライド(6K) | ¥4,530,000 | |
*ご依頼前にご相談ください。 *解析条件の詳細によっては価格が多少変わることがございます。 |
価格(税込) | ||
---|---|---|
標的遺伝子の追加測定 1遺伝子につき | ¥6,500 | 種類についてはお問合せください |
追加測定用試薬加工料(基本料金) | ¥200,000 | 抗体費等は別途必要となります |
*ご依頼前にご相談ください。 |
価格(税込) | ||
---|---|---|
測定基本料(1-8サイクル) | ¥230,000 | |
*9サイクル以降は1サイクル当たり1万円追加となります。 |
解析の種類 | 内容 | 価格(税込) |
---|---|---|
全ゲノムシークエンス | 変異Call (Mutacet2, or HaplotypeCaller) | 応相談 ¥120,000/4サンプル |
Exome | 変異Call (Mutacet2, or HaplotypeCaller) | 応相談 ¥168,000/12サンプル |
RNA-Seq | 発現プロファイル作成 | 応相談 ¥168,000/12サンプル |
ChIP-Seq, ATAC-Seq | peak call | 応相談 ¥168,000/12サンプル |
10x 関連* (scRNA, scATAC, VISIUM) | 専用ソフトウェアの実行 | ¥50,000/1サンプル |
Nanopore | 変異解析(minimap等) | ¥70,000/1サンプル |
*Seuratをご希望の場合は、ご相談ください。 *Human/Mouse以外の生物種の場合は、ご相談ください。 |
解析の内容 | 価格(税込) |
---|---|
オミクスデータ解析 | 応相談 |
解析の内容 | 価格(税込) |
---|---|
Olink Explore | ¥120,000/1サンプル |
解析の内容 | 価格(税込) |
---|---|
定量プロテオーム解析 | 応相談 |
エピゲノム解析 | 応相談 |
トランスクリプトーム解析 | 応相談 |
解析コンサルテーション | 応相談 |
*検体数により、価格はご相談ください。 |
※価格表に記載された価格は、サンプルの状態や解析の条件によって多少変わることがございます。
サンプル量と質
解析内容 | サンプルの種類 | 必要量 | その他の条件 |
---|---|---|---|
シークエンスのみ | 調製済ライブラリ | 10 nM 10 µL | Bioanalyzer測定の濃度・インデックス情報をお知らせください。 |
RNA-Seq | total RNA | 500 ng | RIN>8 8以下の場合、別途費用が発生する可能性があります。 |
ChIP-Seq | IP DNA | 10 ng | 既知結合部位について8倍程度の濃縮が確認されていること。断片化されたDNAが主に100-800bpに分布すること。 |
Exome(+bait) | DNA | 500 ng | DIN>7 7以下の場合、別途費用が発生する可能性があります。 |
DNA | 精製DNA | 500 ng |
解析内容 | サンプルの種類 | 必要量 | その他の条件 |
---|---|---|---|
Chromium –10xGenomics | 細胞 | 106 細胞以上 | 生細胞または固定細胞で |
C1 — Fluidigm | 細胞 | 105 細胞以上 | 生細胞で |
解析内容 | サンプルの種類 | 必要量 | その他の条件 |
---|---|---|---|
MinION PromethION | direct RNA | polyA RNA 1 µg | |
DNA | 4 µg |
*少量サンプルはご相談ください。(価格が変わる可能性があります)。
利用規程
シークエンス解析サービス利用規程をお読みいただき、同意されますと申請書・同意書の各様式をダウンロードいただけます。
提出方法は 解析の流れ 1. お申込み をご参照ください。
(シークエンス解析サービスの内容)
第1条 シークエンス解析サービスの内容を以下のとおりとする。
(1) 各種ゲノムのシークエンスならびに再シークエンス*1
(2) プラスミドやPCR産物の大量シークエンス
(3) 各種cDNAの大量タグシークエンス及び全長シークエンス
(4) バイサルファイトシークエンス*2
(5) CHIPシークエンス*3
(6) その他オミクス解析
*1 供与されたゲノムDNAを次世代シークエンサーによって大量の断片シークエンスデータを生産し、それらをレファレンスゲノム配列データに貼り付ける解析を行う。
*2 DNAのバイサルファイト処理からまたは処理以降から断片配列をゲノムへ張り付ける作業までを行う。
*3 免疫沈降で得られたDNA断片をゲノムへ張り付ける作業までを行う。
2 前項の課題についての基本的な情報、必要な試料の純度、量、調製方法等の詳細、解析データのフォーマット及び提供方法等は、生命データサイエンスセンター(以下「センター」という。)のホームページ(以下「HP」という。)を通して開示する。
3 ヒト個人材料にかかる解析データは、指紋認証で入退室が管理された部屋において外部ネットワークとは接続していないコンピュータのもとで管理する。
(守秘義務)
第2条 センターは申請者の申請後から結果の開示(論文発表等)の期間において、申請課題に対して守秘義務を遵守する。但し、申請数や解析種類等のセンターの活動状況の報告を目的としてセンターが各申請者にそれぞれの課題の一部の開示を求めた場合、申請者が同意した課題に限り、センターはそれらを開示できる。
(利用申請の手続き)
第3条 申請者はセンターHPにあるシークエンス解析サービス申請書に必要事項を記入し、生命データサイエンスセンター長に提出する(HPより電子申請も可とする。)。
2 申請課題の採否は、センターの運営員会の下に置かれる共同利用委員会の審査によって決定し、その結果を申請者に連絡する。
なお、審査の過程で、委員から依頼の内容の詳細を問い合わせ、変更を行うことができる。
3 利用申請できる資格者は以下のとおりとする。
(1)東京大学大学院新領域創成科学研究科をはじめとする東京大学に属する教員及び研究者(大学院生の場合は、指導教員または申請内容と直接関係する研究者の連名を必要とする。)
(2)東京大学以外の国立大学法人、公、私立大学及び国公立研究機関の教員及び研究者
(3)その他センターの運営委員会が認めた者
(ヒト材料の解析を含む利用申請)
第4条 ヒト個人材料のゲノム解析が含まれる利用申請については、ヒトゲノム・遺伝子解析研究に関する倫理指針(平成13年文部科学省・厚生労働省・経済産業省告示第1号)に従い、試料が法令の定める手続き倫理規定を遵守して調整されたものであること及び申請者の所属する機関または部局の生命倫理委員会において承認された課題に限る。
(シークエンス解析サービスにかかる費用)
第5条 申請者は解析にかかる費用を別表のとおり負担する。
2 負担額は申請採択時に申請者に知らせ、配列解析結果を提供後に、その請求を行う。
3 その他の費用が発生した場合は、申請者と協議を行い、申請者が負担する。
4 センターは、解析が完了した後、当該解析費用、その内訳ならびに完了報告書を新領域創成科学研究科の事務に提出する。
(シークエンス解析サービス利用報告書)
第6条 申請者は配列解析結果提供年度の次年度初めにシークエンス解析サービス利用報告書を生命データサイエンスセンター長宛に提出する。
(研究成果の出版)
第7条 共同利用による研究の成果が出版される場合には、申請者は必ず本センターの配列解析サービスを受けた旨を論文中に明記し、その別刷一部をセンターに提出する。
例文: The authors thank the Center for Omics and Bioinformatics, Graduate School of Frontier Sciences, University of Tokyo for the sequencing and its analysis.
問い合わせ
lisdac [at] edu.k.u-tokyo.ac.jp ( [at] を@に書き換えてください)
依頼実績
2020年度 | 2021年度 | 2022年度 | 2023年度 | |
---|---|---|---|---|
シークエンス解析 | ||||
NovaSeq6000* | 50件 | 32件** | 67件** | 71件** |
MGI T7 | – | – | 3件 | 4件 |
シングルセル解析 | ||||
scRNA-Seq | 31件 | 13件 | 28件 | 23件 |
scV(D)J | 3件 | – | – | – |
scRNA-Seq + V(D)J | 15件 | 4件 | 2件 | 5件 |
scATAC | 9件 | 3件 | – | 2件 |
scGEX-ATAC | 6件 | 5件 | 5件 | 9件 |
ロングリード解析 | ||||
MinION | 1件 | – | – | 1件 |
PromethION | 6件 | 3件** | 5件** | 7件** |
空間トランスクリプトーム解析 | ||||
Visium | – | 5件 | 7件 | 12件 | 空間オミクス解析 |
Xenium | – | – | – | 18件 |
マルチプレックス免疫組織化学染色 | ||||
PhenoCycler(旧CODEX) | – | – | 12件 | 36件 |
定量プロテオーム解析 | ||||
Olink Explore | – | – | 1件** | 1件** |
*各種ライブラリ調製もご要望により実施(RNA-Seq・microRNA-Seq・ChIP-Seq・Exome-Seq・ATAC-Seq・TSS-Seq・WGS 等)
**大型依頼を含む